1、时间短、速度快传统的热杀菌是通过热传导、对流或辐射等方式将热量从食品表面传到内部，要达到杀菌温度，往往需要很长时间。微波杀菌是微波与食品及其细菌等微生物直接相互作用，热效应和非热效应结合在一起，达到快速降温杀菌的目的，处理时间大大缩短，对各种材料的杀菌一般在3-5分钟。
2、低温杀菌保持了传统风味的营养成分和微波杀菌是通过特殊的加热和非热效应杀菌，与传统的热杀菌相比，可以在较低的温度和较短的时间内获得所需的杀菌效果。一般杀菌温度在75-80摄氏度，可以达到效果，除了微波加工食品还可以保留更多的营养成分和色、香、味、形等风味，具有膨胀性效果。
3、节能传统的热杀菌往往是在环境和设备上有热损失，而微波是直接对食品，所以没有额外的热损失。相比之下，它通常可以节省30%到50%。
4. 均匀彻底的常规热灭菌从材料表面开始，通过热传导到内部，内部与外部存在温差。保持风味，缩短加工时间。食品内部温度往往达不到足以影响杀菌效果的程度。由于微波能起到穿透作用，在对食品进行整体加工时，表面和内部同时作用，所以消毒灭菌均匀彻底。
5、易于控制的微波干燥操作灭菌处理，该设备可立即使用，没有传统的热灭菌的热惯性，操作灵活方便，微波功率可调，传输速度从零开始连续可调，操作方便。和传统方法相比，微波设备不需要锅炉、复杂的管道系统、煤场和运输车辆，只要具备基本的水电条件即可。